Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 1 Kota Tangerang Selatan berdiri pada 17 Agustus tahun 1981 di Cimanggis Ciputat Tangerang. Cikal bakal MTsN 1 Kota Tangsel adalah MTs. Darussalam yang berlokasi di Cimanggis Ciputat. Pada tahun 1987 MTs. Darussalam dinegerikan oleh pemerintah dan berganti nama menjadi MTsN Tangerang II Pamulang. Pada tahun ini pula MTsN Tangerang II Pamulang dipindahkan ke kelurahan Pamulang di Jalan Raya Pajajaran No. 31 Pamulang. Pada Tahun 2016 berganti nama menjadi MTsN 1 Kota Tangerang Selatan.
Kepala Madrasah yang pertama adalah Drs. Syamsudin (1981-1989) kemudian pada tahun 1989 sampai 1993 di jabat oleh Drs. Edy Djunaedy, dan pada tahun 1993-1994 diganti oleh Drs. Nasharudin Sarbini (1993-1994). Pada masa tersebut adalah masa-masa perjuangan yang berat untuk memantapkan keberadaan madrasah, karena masih dihadapkan kepada pandangan masyarakat bahwa madrasah hanya mengajarkan ilmu-ilmu Agama saja. Pandang tersebut tidaklah benar karena di madrasah alokasi pelajaran umum sama dengan seluruh pelajaran yang ada di sekolah umum. Sedangkan pelajaran agama yang terjabar secara rinci ke dalam bidang 5 bidang pelajaran agama, yaitu Al-Qur’an Hadits, Akidah Akhlak, Sejarah Kebudayaan Islam, Fiqh, dan Bahasa Arab adalah pelajaran yang wajib dari Departemen Agama. Dengan kata lain madrasah adalah sekolah plus.
Pada tahun 1994-2002 kepala sekolah dijabat oleh Dra. Hj. Iis Aisyah pada masa kepemimpinan beliau mulailah diletakkan dasar-dasar pengelolaan madrasah yang sesuai dengan harapan masyarakat pembangunan serana fisik mulai dilakukan. Sedikit demi sedikit madrasah mulai diperhitungkan di masyarakat terbukti dengan minat masyarakat untuk bersekolah di MTsN Tangserang II meningkat pesat. Pada tahun 2003-2007 dilanjutkan oleh Drs. M. Askolani pada masa ini mulai dilakukan pembangunan secara fisik secara bertahap sehingga mejadi sekolah yang cukup memadai, begitu juga sarana dan prasarana.
Pada tahun 2007 terjadi pergantian kepala sekolah oleh Drs. Suhardi, MA, pada masa ini mulai diadakan inovasi-inovasi pendidikan dengan dibukannya kelas-kelas unggulan yaitu : Kelas Bina Prestasi, Kelas Sains, Kelas Bilingual Arab, Kelas Bilingual Inggris, Kelas TI, Kelas Agama, dan Kelas Sosial.
Selain inovasi yang telah dilakukan, banyak pula prestasi-prestasi yang telah dicapai diantaranya adalah juara I Lomba sekolah sehat tingkat Nasional tahun 2010. Juara I lomba Matematika Tingkat Nasional di Bandung tahun 2012. Selain itu juara 1 lomba Marching Band Tingkat Nasional Piala Presiden berturut-turut 3 kali pada tahun 2010, 2011, 2012. Pada tahun 2013 berhasil menyabet Juara III PIKR tingkat Nasional (Pusat Informasi Konseling Remaja) dan dalam sejarah pada tahun 2013, MTsN Tangerang II Pamulang berhasil mengikuti lomba robotic tingkat Internasional meraih 1 Medali Emas, 2 Perak dan 1 Perunggu dalam International Islamic School Robot Olimpiad di Johor Baharu Malaysia. Pada tahun 2014-2015 berturut- turut Juara 1 Kompetisi sain Madrasah Bindang Study Biologi dan tahun 2015 meraih Juara II Jurnalistik tingkat Nasional, dan masih banyak lagi prestasi yang diraih dalam bidang Akademik, Olah Raga dan Seni.
Setelah 9 tahun menjabat Drs. H. Suhardi, M.Ag. digantikan oleh Ulik Widiantoro, S.Pd., M.Pd. pada tanggal 26 Juli 2016, jabatan beliau sebelumnya adalah guru dan wakil kepala sekolah bidang Kurikulum, yang masih muda energik dan progresif.